De pijnappelklier bevindt zich in het midden van de hersenen. Aan de pijnappelklier worden bijzondere krachten toegedicht, men noemt de pijnappelklier het derde oog. Bij kinderen is de pijnappelklier goed ontwikkeld, als jongvolwassen wordt hij kleiner tot hij bij veel oudere mensen verkalkt en de functionaliteit verliest. Veel paragnosten en mediums claimen gebruik te maken van het derde oog, zij zeggen de pijnappelklier verder ontwikkeld te hebben. Volgens Oosterse wijsheden is de pijnappelklier de zetel van de ziel. Descartes zei ooit dat de pijnappelklier een belangrijke rol speelt tussen lichaam en geest. Er worden dus grote waarden gegeven aan een orgaan dat niet groter is dan een oog.
Wat wel wetenschappelijk bewezen is, is dat de pijnappelklier melatonine produceert. Dit hormoon is belangrijk bij het dag en nacht ritme van de mens. Door signalen tussen de pijnappelklier naar het netvlies weten we of we actief moeten zijn of moeten slapen. De waarde van melatonine is bewezen, men gebruikt het hormoon voedingssupplement om slaapproblemen te lijf te gaan of de verschijnselen van een jetlag te voorkomen. Daarnaast heeft extra melatonine een gunstig effect op het immuunsysteem, het zou zelfs bescherming kunnen bieden tegen kanker. Natuurlijke melatonine wordt door de pijnappelklier aangemaakt zodra er een tekort aan daglicht ontstaat. De productie beïnvloed dus direct de lichaamsfuncties. Het slaappatroon op de verschillende leeftijden verraad de afnemende werking van de pijnappelklier. Het kunnen “zien” met de pijnappelklier is nog nooit bewezen, maar zou verdere ontwikkeling niet nog meer slapen als een baby betekenen?