Bij zuigelingen is de darmwand nog niet helemaal volgroeid waardoor koemelkeiwit in de bloedbaan terecht kan komen van de baby. Omdat het lichaam de stof niet herkent worden antistoffen gevormd, de antistoffen hechten zich aan de zogenaamde mestcellen die vooral in de huid en slijmvliezen van het maagdarmkanaal en de luchtwegen voorkomen. Als de baby allergisch is voor koemelk dan kunnen deze antistoffen die door het koemelkeiwit veroorzaakt worden zich aan de mestcellen hechten. Hierdoor ontstaat een allergische reactie bij de baby. Omdat de meeste mestcellen in de huid en bovenste luchtwegen alsook het darmkanaal terechtkomen ontstaan daar de meeste allergische reacties.
Het babytje kan niet zolang na de voeding krampen en diarree krijgen, het kan gaan overgeven of last krijgen van kolieken. Daarnaast kan het kind last krijgen van benauwdheid of vochtophopingen in de mond of keel. Op de huid kunnen eczeemplekjes zichtbaar worden of galbulten, kindje krijgt jeuk. Het gedrag van de baby kan veranderen, huilen, niet slapen. Ook kan het kindje als je doorgaat met koemelk in een anafylactische shock terechtkomen. Neem tijdig contact op met de huisarts als het kindje last van deze symptomen krijgt zodat de voeding aangepast kan worden. De baby krijgt niet alleen koemelkeiwitten binnen via de fles, deze kunnen ook door de moeder als zij veel melk drinkt of zuivelproducten op basis van koemelk eet, doorgegeven worden met de borstvoeding. Is het kindje allergisch voor koemelkeiwitten dan zul je een aangepast dieet moeten volgen om koemelkeiwitallergie bij het kindje te voorkomen.