Hoewel; er vaak alleen gesproken wordt over alle voordelen die windenergie met zich meebrengt zoals geen afvalstoffen, geen vervuiling en geen aanspraak op de steeds schaarser wordende fossiele brandstoffen bijvoorbeeld, heeft het gebruik van de windmolens en de windturbines om windenergie mee op te kunnen wekken ook een aantal, grotere en kleinere, nadelen.
Zo kan men niet altijd evenveel windenergie opwekken omdat er, eenvoudigweg, niet op alle momenten even veel wind staat. Het aanbod van windenergie is dus nooit constant waardoor men elektriciteit die op is gewekt en niet direct wordt gebruikt, op dient te slaan om deze later op een tijdstip, dat er weinig of geen wind staat, te kunnen gebruiken.
Verder vinden een aantal mensen de windmolen en –turbines geen aanwinst voor het landschap. Sommigen vinden de toestellen ronduit lelijk en spreken zelfs van landschapsvervuiling. Zelfs wanneer men windparken in de zee voor de kust plaats zijn er nog altijd mensen die hierover klagen. Bovendien vinden een aantal mensen het geluid dat windmolens voortbrengen erg hinderlijk is voor de omwonenden.
Weer anderen zijn van mening dat de dieren die in de nabijheid van windmolens leven last ondervinden van het geluid dat deze toestellen voortbrengen of dat vogels zich verwonden of om het leven komen doordat ze in aanraking komen met de wieken van de molens. Het gevolg van dit alles is, volgens deze mensen, dat de dieren een ander heenkomen moeten gaan zoeken en hun vertrouwde stek moeten verlaten waardoor dieren in bepaalde plaatsen uiteindelijk helemaal zullen verdwijnen.