De kwaliteit van de lucht is, vooral in verstedelijkte regio’s, de laatste tijd sterk verslechterd. Om de concentratie van het gas CO2 in de lucht omlaag te brengen kan men overstappen op het gebruik van waterstof als drager van energie. In tegenstelling tot bijvoorbeeld fossiele brandstoffen mag waterstof geen energiebron genoemd worden omdat er energie in dient te worden gestopt voordat men er energie mee kan opwekken.
De waterstofmotor gebruikt elektrolyse om waterstof te kunnen genereren waardoor er elektriciteit zal moeten worden toegevoerd om de energie te laten vrijkomen. Waterstof wordt om daarom ook vaak als quasi onuitputtelijk betiteld omdat men ten alle tijde over een zekere mate van energie moet beschikken om het te kunnen produceren. In een waterstofmotor wordt in een verbrandingscel waterstof in combinatie met zuurstof welke uit de lucht afkomstig is in elektriciteit en waterdamp omgezet. Er zal elektriciteit als voeding worden gevormd voor de waterstofmotor terwijl de waterdamp wordt uitgestoten.
Het rendement van een waterstofmotor ligt hoger dan van motoren welke op een overige wijze hun benodigde energie genereren. Met een waterstofmotor kan men echter niet enkel en alleen elektrische apparaten maar ook voertuigen van energie voorzien. Dit gebeurt dan wel op een , voor het milieu, veel vriendelijker wijze dan door middel van de conventionele motoren welke met de zwaar vervuilende fossiele brandstoffen gevoed worden.
Om waterstof te gebruiken als energiedrager zal men een voertuig van een gigantische tank moeten voorzien. Dit wordt in de regel als een flink nadeel van deze motoren beschouwd.