De zogenaamde profylactische HPV inenting is op de preventie van een HPV-infectie gericht en daarmee op het voorkomen van ziekte en dan vooral de voorstadia van baarmoederhalskanker. De HPV inenting richt zich op twee oncogene typen van HPV, type 16 en 18, deze zijn verantwoordelijk voor het grootste aantal van alle gevallen van baarmoederhalskanker.
Meisjes van 12 jaar zouden door de inenting tegen baarmoederhalskanker in combinatie met de reeds langer bestaande screening van deze aandoening grotendeels gespaard blijven. De kosten van de inenting tegen baarmoederhalskanker zijn hoog, maar op de lange termijn kunnen ze per jaar een aantal honderden gevallen van baarmoederhalskanker weten te voorkomen en zullen er meer dan honderd sterfgevallen minder zijn door de ziekte. Voor de inentingen tegen HPV zijn er internationaal twee vaccins geregistreerd te weten: Cervarix en Gardasil.
Men kan eveneens op een therapeutische basis in gaan enten. Er bestaat immer een hoog risico als het HPV in het overgangsgebied van de ecto– en endo-cervixm, waar de beschermende epitheellaag dun is, zou infecteren. Daardoor zou het virus bij de basale cellaag kunnen komen om deze eveneens te infecteren. Op het moment dat de cellen van deze cellaag zich gaan delen en differentiëren zou het virus zich kunnen vermenigvuldigen.
Nadat een cel geïnfecteerd is worden de vroege eiwitten E1, E2, E6 en E7 in de basale cel aangemaakt. De laatste twee eiwitten hebben echter een transformerende werking. Therapeutische vaccins zijn echter erop gericht deze vroege eiwitten te bestrijden. Momenteel zijn de vaccins enkel tegen HPV16 gericht.