Het vaccin dat wordt gebruikt tegen het krijgen van baarmoederhalskanker wordt officieel in verband gebracht met een aantal sterfgevallen en legio gevallen waarbij bijwerkingen optreden. Onder de bijwerkingen komen gevallen voor van genitale wratten en het krijgen van een miskraam. Hiernaast zijn er meldingen gemaakt van epileptische aanvallen en zelfs verschijnselen van verlamming. Van alle bijwerkingen zou echter, tot op heden, slechts tien procent officieel gemeld worden.
Het vaccin zou moeten worden gegeven aan meisjes van twaalf jaar. En eventueel ook aan meisjes in de leeftijd van 13 tot en met 16 jaar. Op die manier zou op termijn per jaar een paar honderd gevallen van baarmoederhalskanker kunnen worden voorkomen en eveneens circa honderd sterfgevallen. Het vaccinatieprogramma zou echter wel gepaard dienen te gaan met een langdurig onderzoek om zo de veiligheid en de effectiviteit te blijven monitoren.
Het bekend worden van de bijwerkingen heeft tal van effecten gehad zo
zijn de aandelen van de fabrikant in waarde gedaald en willen veel artsen willen weten of hun verzekering gevallen dekt tegen eventuele schadeclaims ten gevolge van deze bijwerkingen.
Vaccinatie met het vaccin Gardasil is enkel, bij een levenslange immuniteit, effectief om de kosten te dekken. Maar dan moeten er wel grote aantallen meisjes in de leeftijd van twaalf jaar in worden geënt. Het inhalen van de inenting (de zogenaamde catch-up) bij oudere tienermeisjes en jonge vrouwen zou zich niet lonen volgens een studie die in de New England Journal of Medicine werd gepubliceerd. Kortom: de vaccinatie is nog altijd omstreden.