De eerste prioriteit bij de behandeling van nierstenen heeft de pijn. Deze moet zoveel mogelijk verlicht worden. Ook de spieren van de urinewegen moet ontspannen zijn voor het kunnen uitplassen van de nierstenen. Voor beide verlichtingen worden medicijnen voorgeschreven. Als de nierstenen niet uitgeplast kunnen worden dan moeten deze op een andere manier verwijdert worden, liefst voor het ontstaan van en infectie.

Een methode om de nierstenen te verwijderen is een behandeling met de niersteenvergruizer. De niersteenvergruizer geeft gerichte schokje aan de buitenkant van het lichaam, waardoor de nierstenen in kleine stukjes breken. Voor een behandeling met een niersteenvergruizer is geen lange opname in het ziekenhuis nodig. Men meldt zich ‘s ochtends op de dagpoli, er wordt een plaatselijke verdoving geplaatst en de behandeling vindt plaats. Door de vergruizing is de urineweg weer vrij met het gevolg dat men vrij vaak snel moet plassen waardoor de stukjes niersteen verdwijnen. Na het plassen mag men weer naar huis.

Soms wordt gekozen voor een endoscopie. Bij deze behandeling wordt een dunne buis in de urinebuis gebracht richting blaas en vandaar uit naar de urineleider waar de niersteen met een haakje
wordt weggehaald. Een andere methode is de niersteen weghalen via een holle naald door de huid in het nierbekken, in de naald loopt een draad waarmee de niersteen uit het nierbekken getrokken kan worden. Ook deze behandeling gebeurt onder plaatselijke verdoving. Een operatie is ook mogelijk maar gebeurt alleen als de andere behandelmethoden om een medische reden niet gebruikt kunnen worden.