Omdat de maagzweer op een prominente plaats in het lichaam ontstaat kunnen de symptomen die ontstaan door irritatie niet over het hoofd worden gezien. Het spijsverteringsstelsel moet hard werken om ons lichaam van de nodige voedingsstoffen te voorzien. Een storing in het traject veroorzaakt meteen problemen. De eerste klacht die men voelt zonder dat er meteen aan een maagzweer wordt gedacht is meestal “het zuur”. De irritatie zorgt er vaak voor dat eten geen aangename bezigheid meer is, bij het doorslikken brandt het in de keel.
Het eerste symptoom dat mensen krijgen is de knagende en brandende pijn die een maagzweer veroorzaakt. In de meeste gevallen ontstaat deze een paar uur na het opstaan en ‘s nachts. Veel maagzweer patiënten liggen hierdoor nachten wakker. Ook kunnen braakneigingen ontstaan en men voelt zich misselijk. Als de maagzweren in de twaalfvingerige darm ontstaan kunnen er ook periodes met pijn in de buik voorkomen. De symptomen kunnen verergeren bij gebruik van sterke kruiden, koffie en alcohol.
Maagzweren kunnen gaan bloeden waardoor de ontlasting een zwarte kleur krijgt, bij overgeven zit ook bloed in het braaksel. Bij de eerste tekenen hiervan moet men direct een arts inschakelen. Erg veel pijn ontstaat als een maagzweer perforeert. Al de maagzweer gaat perforeren dan is er sprake van een maagbloeding als gevolg van de maagzweer. Te laat inschakelen van medische hulp kan zelfs een coma veroorzaken. De meest voorkomende symptomen van een maagzweer zijn zuurbranden, boeren, veel waterig speeksel en een langzame stoelgang.