Er zijn verschillende oorzaken waarom mensen een maagzweer krijgen. Zowel medisch gezien als om andere diverse redenen. De maag heeft een maagslijmvlies dat bedoelt is om de wand te beschermen tegen beschadigingen voor het door de maag zelf geproduceerde maagsap. Als dit maagslijmvlies beschadigt door bijvoorbeeld een ontsteking kan het maagsap in contact komen met de wand en deze beschadigingen. De door maagzuur beschadigde plek kan gaan zweren.
Op dezelfde manier als de maag kan ook de wand van de twaalfvingerige darm en soms de wand van de slokdarm beschadigt worden en gaan zweren. In al deze gevallen wordt er gesproken over een maagzweer. Sommige medicijnen hebben ook een nadelige invloed op het maagslijmvlies waardoor een maagzweer kan ontstaan. Meestal heeft men bij deze oorzaken geen of weinig invloed om de maagzweer te voorkomen. Mensen die last hebben van een chronische maagzweer krijgen meestal ontstekingsremmende middelen om het risico te verkleinen.
Andere oorzaken voor een maagzweer zijn teveel alcohol, roken, ongezonde voeding maar ook veel stress en spanningen kunnen een maagzweer veroorzaken. Maagzweren door deze oorzaken kan men voorkomen door de levenstijl aan te passen. Bij sommige mensen zit de gevoeligheid voor maagaandoeningen waaronder maagzweren in de genen, we spreken dan over de erfelijkheidsfactor. De grootste risicogroep voor een maagzweer zijn mannen tussen de dertig en vijftig jaar. In geval van erfelijkheid ontwikkeld het risico op de aandoening op volwassen leeftijd. Mensen met bloedgroep O zijn vatbaarder voor de aandoening, de oorzaak hiervoor heeft men nog niet gevonden.