Als er geen acute situatie is zoals een bloeding dan zal de arts eerst naar de oorzaak voor de maagzweer zoeken. Als de oorzaak weggenomen kan worden dan zal de maagzweer in de meeste gevallen uit zichzelf genezen. Voor een eenvoudige oplossing is het daarom beter om zo snel mogelijk naar een arts te gaan voor hulp. Het goede moment is de fase waarin men pijn in de bovenbuik krijgt in de meeste gevallen zijn bij tijdige herkenning rust en een aangepast dieet voldoende om de maagzweer te behandelen.
Vooral mensen met veel stress en mensen die onder voortdurende spanning leven hebben vaker last van een maagzweer. Het belangrijkste is rust. Indien mogelijk de oorzaak van de stress en spanningen wegnemen. Vaak worden deze mensen ondersteund met rustgevende medicijnen. Als na de rustperiode de toestand niet verbeterd is zal men het eerst met medicijnen en eventueel een dieet proberen. Eventueel kan men hulp aanbieden voor het behandelen van de oorzaak van de maagzweer.
In alle gevallen wordt de bacil die de maagzweer veroorzaakt bestreden met medicijnen. De levenswijze moet aangepast worden, meestal wordt een dieet geadviseerd dat helpt de zuurafscheiding te minimaliseren, een diëtist kan hierbij helpen. Ook worden er medicijnen voorgeschreven die zuurremmend werken. Als men rookt zal men het advies krijgen om te stoppen. Koffie, alcohol en sommige kruiden bevatten stoffen die het maagslijmvlies irriteren, deze producten mogen tijdens de behandeling niet ingenomen worden. Bij perforatie van de maagzweer moet er altijd operatief ingegrepen worden.