Op het moment dat pollen uit de lucht de slijmvliezen van de neus en de ogen plagen geeft dat de typische klachten die horen bij de aandoening hooikoorts. De verschijnselen en symptomen die bij hooikoorts horen lijken sterk op die van een gewone verkoudheid.
Zo heeft men in het begin last van een loopneus terwijl later juist de neus verstopt zal raken. Verder heeft men in de regel last van, soms zeer hevige, niesbuien. Maar ook een kriebelhoest kan zowel aan een verkoudheid als aan hooikoorts toe worden geschreven. Door de irritatie van de slijmvliezen en de ogen kunnen deze laatste gaan jeuken of kan men een branderig gevoel aan de ogen krijgen. Tevens kunnen bij verkoudheid evenals bij hooikoorts de ogen rood en gezwollen zijn. Door beide aandoeningen kan men bovendien ook last krijgen van een branderig gevoel in de keel of zelfs van pijn in de keel. Net zoals van hoofdpijn en van vermoeidheidsklachten.
Heeft men last van een erge gevoeligheid voor pollen, dan kan men eveneens zich echt ziek en koortsig gaan voelen. Bij één op de drie mensen die aan een pollenallergie lijden zullen de hooikoortsklachten zelfs leiden tot een ontsteking van de bijholte. Met andere woorden: hooikoorts is bepaald geen pretje. Veel patiënten die lijden aan hooikoorts voelen zich hierom dikwijls prikkelbaar en moe. Zelfs het concentratievermogen kan door de klachten die hooikoorts met zich meebrengt verminderen. Een heel vervelende situatie voor mensen die bijvoorbeeld examen moeten doen of mensen die geconcentreerd dienen te werken.