Op het moment dat een vrouw menstrueert voelt zij zich dikwijls niet lekker. De meest voorkomende klachten zijn buik- en rugpijn die door de samentrekking van de baarmoeder worden veroorzaakt. Gedurende de dagen voor de menstruatie komt bij een heleboel vrouwen premenstruele spanning voor. Door hevige veranderingen in de hormoonspiegels in het lichaam kan men last van hoofdpijn of spierpijn gaan krijgen. Verder kunnen de borsten iets opzwellen en gevoeliger zijn net voor en tijdens de menstruatie. Daarnaast zijn een groot deel van de vrouwen dan extra prikkelbaar. Bij het gebruik van de anticonceptiepil, het etonogestrel implantatiestaafje of een IUD zullen de klachten tijdens en vlak voor de menstruatie gaan verminderen, In een groot deel van alle gevallen wordt de menstruatie lichter en in het geval van een IUD of etonogestrel implantatiestaafje kan de menstruatie zelfs helemaal uitblijven.
Naast pijn in de buik en de rug kan een vrouw tijdens haar menstruatie ook te maken krijgen met overmatig bloedverlies, dit wordt in de medische wereld overigens menorrhagie of hypermenorrhea genoemd.
Pijn en/of krampen tijdens de menstruatie wordt dysmenorroe genoemd en indien er geen sprake is van een onderliggende oorzaak dan is het heel normaal (primaire dysmenorroe) maar in bepaalde gevallen bestaan er afwijkingen van de baarmoeder en/of van de omliggende weefsels welke deze klachten kunnen veroorzaken, zoals bijvoorbeeld endometriose of myomen. Er wordt in een dergelijk geval gesproken van secundaire dysmenorroe. Dit kan overigens samen gaan met een overmatig bloedverlies, vaker menstrueren dan normaal is of een combinatie van beide.