Het grootste deel van de geboortevlekken trekt vanzelf weer weg naarmate het kind ouder wordt. Een huidaandoening zoals een snelgroeiend hemangioom op het ooglid wordt in de meeste gevallen binnen een paar weken na ontdekking al behandeld dus voordat dit zo groot wordt dat het zicht van de baby hierdoor belemmerd zal worden. In bepaalde gevallen geeft men corticosteroïden, oraal toegediend of door middel van een injectie in het hemangioom, om op die manier het hemangioom te laten krimpen, of het wordt met behulp van een laser behandeld.
Zogenaamde wijnvlekken kunnen eveneens met behulp van een laser behandeld worden omdat deze vanaf de puberteit soms wel eens hobbelig kunnen worden, wacht men liever niet met het behandelen ervan tot na de puberteit. Bij gepigmenteerde moedervlekken moet men opletten of deze niet zullen gaan veranderen voor wat betreft de kleur, de grootte en de vorm. Eventueel zijn deze gepigmenteerde geboortevlekken door middel van operatief ingrijpen te verwijderen. Blijvende geboortevlekken kan men, afhankelijk van grootte van de vlek en de plaats waar deze zich op het lichaam bevinden, met een uitstekend cosmetisch resultaat door middel van een operatie verwijderen.
De meeste mensen besluiten om een geboortevlek, bij hun kind of zichzelf, weg te laten halen omdat dit vaak als ontsierend of zelfs als lelijk wordt ervaren. Bovendien is het in een aantal gevallen niet goed mogelijk om een geboortevlek met behulp van bijvoorbeeld bepaalde cosmetica goed weg te kunnen werken zodat deze niet, of aanmerkelijk minder, zichtbaar zal zijn voor de buitenwereld.