De stad Lyon is het op één na grootste spoorwegknooppunt van heel Frankrijk. Er zijn drie grote treinstations: Perrache,, Part-Dieu en Saint-Exupéry buiten de stad. Part-Dieu is het station waar eveneens de TGV’s arriveren en vertrekken. Perrache is een ouder station dat met name het treinverkeer voor de regio voor zijn rekening neemt. Kleinere stations zijn bijvoorbeeld Gorge de Loup, Vaise en Venissieux.
Het openbaar vervoer in de stad Lyon zelf is in handen van TCL (Transport en Commun Lyonnais). Er zijn een viertal metrolijnen en 38 metrostations. De metro is de meest voordelige en de eenvoudigste wijze om zich te kunnen verplaatsen in Lyon. Eigenlijk kan men door middel van de metro overal komen waar men wil in deze Franse stad. Om de twee en een halve minuut komt er steeds weer een nieuwe metro.
Verder zijn er nog twee tramlijnen en 49 tramhaltes in de stad aanwezig. Deze twee lijnen brengen reizigers van Montrochet dat in het zuiden ligt naar IUT-Fessine in het noorden en van station Perrache dat in het zuidwesten is gesitueerd naar Saint-Priest in het zuidoosten van Lyon.
Een andere bijzondere manier van openbaar vervoer in de stad Lyon zijn de zogenaamde Vélo’v. Dit is een openbare fietsdienst in Lyon. De stad heeft namelijk tweeduizend witte fietsen die op kunnen worden gepikt en weer terug kunnen worden gezet op een twee honderd verschillende locaties in de stad. Het systeem bestaat nog maar enkele jaren, sinds maart 2005, maar was meteen een groot succes in Lyon.