Voor de geboorte kunnen er reeds afwijkingen ontstaan aan de urinewegen. Blaasexstrophie en epispadie zijn zeldzame voorbeelden van deze aangeboren afwijkingen. Hierbij zijn de urineblaas, de urinebuis, de bekkenbodem en de uitwendige geslachtsorganen niet helemaal aan zijn gelegd. De behandeling van aangeboren afwijkingen aan de urinewegen zijn erg ingewikkeld en gedurende heel het verdere leven zullen meerdere operaties noodzakelijk blijven. Ondanks behandelingen van deze afwijkingen blijven de meeste kinderen van (zelf)katheterisatie afhankelijk en moeten zij levenslang onder controle van een uroloog blijven.

Urine-incontinentie, oftewel blaasfunctiestoornissen, komt bij kinderen relatief vaak voor. Negen procent van alle kinderen vanaf vijf jaar heeft er namelijk last van. Het urineverlies kan uiteenlopen van druppeltjes tot volledig urineren. Een dergelijke incontinentie voor urine kan zeer hinderlijk zijn. Kinderen kunnen zich bijvoorbeeld schamen voor natte plekken in hun kleding en dikwijls durven ze niet gaan logeren of op schoolkamp. Vaak is er overigens geen sprake van een aangeboren afwijking van de sluitspier of van de urineblaas.

Een overactieve blaas is echter wel een aangeboren afwijking die vaak voorkomt. Daarbij treden er in de spier van de urineblaas onwillekeurige krampbewegingen op met als gevolg het verlies van urine. Soms ontspannen kinderen niet genoeg tijdens het urineren, waardoor ze niet voldoende uitplassen en de urine achterblijft in de blaas. Kinderen met urine-incontinentie blijken in veel gevallen eveneens last te hebben van obstipatie. Kinderen die lijden aan spinea bifida (een zogenaamd open ruggetje) hebben eveneens vaak te maken met urine-incontinentie. Het urineverlies komt dan nog bij de overige afwijkingen.