Zodra de vaginale flora is verstoord, kan er eenvoudig een vaginale infectie optreden, welke dikwijls tot erg vervelende klachten kan leiden. Vaginale infecties zijn dikwijls lastig te herkennen, maar omdat deze infecties wel tot onvruchtbaarheid zouden kunnen leiden, is het verstandig zich met de nodige regelmaat hierop te laten onderzoeken. Verder is het aan te raden reeds vanaf het ontstaan van de klachten de vagina elke dag te reinigen met schoon water. Hierdoor zal de vagina eerder in haar natuurlijk evenwicht worden gebracht.
De huisarts kan vaak op een eenvoudige manier vaststellen met welke aandoening men te maken heeft en dan een passende behandeling in gang zetten. Vaak heeft namelijk elke infectie in de vagina niet alleen eigen kenmerken maar ook een eigen wijze van behandelen. De veroorzakers van de infecties komen over het algemeen al in geringe hoeveelheden in de vagina voor. Zo is bijvoorbeeld de gardnerellabacterie de boosdoener bij bacteriƫle vaginose of vaginitis. Daarbij zijn alle nuttige lactobacilli verdwenen en eveneens de beschermende zuurgraad. Er zal dan een grijs-witte afscheiding optreden die visachtig ruikt en jeuk geeft.
Een ander micro-organisme dat zich snel vermenigvuldigt in een vagina met een verstoorde zuurgraad, is trichomonas. Dit eencellig zweepdiertje behoort tot de Seksueel Overdraagbare Aandoeningen (SOA) en zorgt voor een gelige afscheiding, een niet aangename (visachtige) geur, pijn, jeuk en een snel bloedende vagina. Andere aandoeningen zijn: actynomyces, candida en chlamydia. Al deze aandoeningen zijjn hinderlijk en kunnen vervelende klachten geven maar vaak ook sluimeren zonder dat men de aanwezigheid merkt.