Pijn in de darmen wordt meestal veroorzaakt door ontstekingen. De klachten zijn anders bij het soort en ontsteking en de plaats waar deze zich bevindt. Sommige ontstekingen zijn met een kuur op te lossen, andere zijn chronisch en bezorgen veel pijn. Een van de meeste voorkomende chronische ontsteking die veel pijn in de darmen veroorzaakt is de ziekte van Crohn. Bij deze aandoening is de pijn en de darmen meestal langdurig.
Bij de ziekte van Crohn is een ontsteking in het hele spijsverteringskanaal mogelijk waardoor veel pijn in de darmen ontstaat. In de darmwand ontstaan zweertjes die zich uitbreiden in de darmen. Deze zweren kunnen veel pijn veroorzaken. In sommige gevallen is er een spontane genezing. Door de vele ontstekingen ontstaat littekenweefsel waardoor vernauwing in de darmen optreedt. Het voedseltraject verloopt hierdoor pijnlijker en moeilijker. De darmfunctie gaat achteruit.
In sommige gevallen groeien de zweren door de darmwand heen waardoor er verbindingen ontstaan die er niet horen. Het hele darmstelsel wordt aangetast wat bloedingen en bloedarmoede kan veroorzaken. Door de aangetaste darmen kan diarree ontstaan die door de slechte werking en ontstekingen veel pijn in de darmen veroorzaakt. In de meeste gevallen is de grootste klacht bij ontstekingen aan de darmen buikpijn. De aanduiding is logisch omdat de hele buikholte met darmen gevuld is, buikpijn is vaak een samenvatting voor pijnlijke darmen of darmen die niet of slecht functioneren en daardoor weer pijn uitstralen. De darmflora verstoord, de goede bacteriën kunnen de slechte niet meer bestrijden waardoor pijnlijke darmen ontstaan.