Pijn in de slokdarm kan verschillende oorzaken hebben. Eten kan in de slokdarm zijn achtergebleven en door het rottingsproces het slijmvlies hebben aangetast. De goede bacteriën kunnen het aantal slechte niet meer verslaan en er ontstaat een ontsteking van het slijmvlies. Eten dat achterblijft is vaak niet goed gekauwd of weggeschoten in de slokdarm, dit fenomeen komt vaker voor en onterecht getypeerd als iets dat in het verkeerde keelgat schiet. Scherpe dingen zoals graatjes kunnen zich in sommige gevallen ook vastzetten in de slokdarm en daar pijn of irritatie veroorzaken. Ook een geïrriteerde slokdarm kan leiden tot een ontsteking en als gevolg pijn in de slokdarm veroorzaken.

Een andere ernstige oorzaak van pijn in de slokdarm kan slokdarmkanker zijn. Bij slokdarmkanker is drinken niet pijnlijk. Droog en harder voedsel veroorzaakt pijn bij het slikken en lijkt vaak in de slokdarm te blijven hangen. Als de tumor te groot is kan het voedsel er niet voorbij waardor men gaat braken, dit op en neer gaan van de voeding in combinatie met de tumor veroorzaakt veel pijn in de slokdarm.

Ook maagzuur is een serieuze veroorzaker van pijn in de slokdarm en kan deze beschadigen als het vaker in de slokdarm terecht kan komen. Het slijmvlies van de slokdarm is te dun om bestand te zijn tegen het zuur. Er kunnen ontstekingen optreden die niet alleen erg pijnlijk zijn maar die ook, als het vaker gebeurt littekenweefsel in de slokdarm kunnen veroorzaken waardoor de doorgang smaller wordt en voedsel moeilijker getransporteerd kan worden.