Een traag werkende schildklier maakt te weinig hormonen. In sommige gevallen is dit een tijdelijke aandoening maar in de meeste gevallen kan men hier niets aan veranderen. Een trage schildklier kan ontstaan door de behandeling van een andere aandoening of aangeboren zijn. Bij een pasgeboren baby kan de schildklier ontbreken of niet goed ontwikkeld zijn. Ook kan de schildklier ondanks dat hij volgroeid is niet genoeg schildklierhormonen aanmaken. Een snelle behandeling is noodzakelijk omdat er beschadiging van de hersenen kan ontstaan.
Een andere oorzaak voor een trage schildklier kan een ontsteking zijn door anti-stoffen tegen de schildklier. Het schildklierweefsel wordt door de anti-stoffen vernietigd. De meeste mensen met deze chronische aandoening hebben een struma. In het begin is het moeilijk deze ziekte te herkennen. Bij een andere anti-stoffen aandoening maakt de schildklier geen hormonen meer aan en verschrompelt de ziekte de schildklier. In Nederland zijn de anti-stoffen aandoeningen de grootste vijand van de schildklier.
Ook medische handelingen kunnen een trage schildklier veroorzaken. Bij een struma moet de schildklier soms verwijdert worden waardoor er geen voldoende hormonen meer aangemaakt worden. Bij een te snel werkende schildklier wordt soms gekozen voor een behandeling met radioactief jodium, na de behandeling gaat de schildklier traag werken. In dit geval kan het probleem opgelost worden met een schildklierhormoon. Ook trage schildklierproblemen veroorzaakt door virussen kunnen genezen worden. Soms is de oorzaak ernstig bloedverlies de reden van een traag werkende schildklier, in dit geval is niet de schildklier zelf de oorzaak maar het gevolg.