Veel mensen die een amputatie hebben moeten ondergaan blijven na de operatie achter met fantoompijn. Fantoompijn wordt veroorzaakt door de hersenen die ons pijngevoel signaleren en doorgeven aan het lichaam. Hoewel niet wetenschappelijk bewezen gaat de medische wereld er voor het grootste deel van uit dat de hersenen nog moeten wennen aan het feit dat de pijn verdwenen is. Het pijnsignaal is dus een soort automatisme geworden in een fantoom samenspel van zenuwen en hersenen. Dit maakt de pijn die men bij fantoompijn voelt niet minder, deze is voor fantoompatiënten realiteit. Het laten verdwijnen van fantoompijn is niet gemakkelijk, maar wel mogelijk. Fantoompijn kan soms ook voorkomen worden door een goede voorlichting en acceptatie vooraf. Je geeft de hersenen de boodschap dat het straks over is.
De pijn die je bij fantoompijn voelt is gelijkwaardig als deze die je had voor de amputatie. Bij sommige mensen helpt dezelfde medicatie die men vooraf voor de pijn kreeg. Pijnbestrijding bij een lichaamsdeel dat niet meer aanwezig is, is dus belangrijk. Daarnaast is een goede psychische begeleiding nodig om de acceptatie mogelijk te maken. Ook de angst om straks geschonden de maatschappij terug in te moeten kan ertoe leiden dat men zich gaat focussen op de fantoompijn waardoor deze blijft bestaan. Je geeft je hersenen zelf het signaal dat het lichaamsdeel pijn doet. Meer dan de helft van de mensen die met amputatie te maken krijgt heeft fantoompijn. Bij sommige gaat het vanzelf over, anderen hebben nog een lange tijd therapie nodig.