Het is haast niet mogelijk om alle mogelijke vormen van behandeling voor verschillende aandoeningen en ziektes van de nieren op te sommen. De meest voorkomende behandelmethoden van een ontsteking van de nieren, en dan met name een ontsteking van het nierbekken, is afhankelijk van de oorzaak van de aandoening. Is er namelijk enkel en alleen maar sprake van een ontsteking van het nierbekken, dan is een behandeling met antibiotica (penicilline of een andere vorm van antibiotica) nodig. In een behoorlijk aantal van alle gevallen is er overigens wel wat meer aan de hand naast de ontsteking.
Zo kan er onder andere sprake zijn van de aanwezigheid van een niersteen welke een snelle afvoer van de geproduceerde urine in de weg staat of zelfs in zijn geheel niet meer mogelijk maakt. In een derdegelijk geval moet naast de ontsteking aan de nier of het nierbekken eveneens de niersteen behandeld worden.
Daarnaast er ook nog kan sprake zijn van een vernauwing die zich bevindt aan het begin van de urineleider. Als dit het geval is dan zal een operatieve ingreep toe moeten worden gepast om dit euvel te kunnen verhelpen. Antibiotica zou in zo’n situatie namelijk in zijn geheel niet, of slechts voor een bepaalde tijd baat hebben.
Verder is het mogelijk dat, met name bij kinderen, er sprake is van een defect aan het ventiel dat zich onderaan de urineleider bevindt. Door zo’n defect zal er urine terugstroomt naar de nier. Eveneens in deze situatie kan operatief ingrijpen noodzakelijk zijn. Zeker bij kinderen is in dit soort gevallen een nier extra kwetsbaar voor infecties en dient men hier extra maatregelen te treffen om dit te kunnen voorkomen. Van belang is in alle gevallen van een nierontsteking dat men zich onder behandeling stelt van een arts. Nierontsteking gaat immers niet vanzelf over.