In de alvleesklier kunnen ontstekingen ontstaan, zowel acute als chronische. Een ontsteking in de alvleesklier wordt pancreatitis genoemd. In sommige gevallen van een ontsteking kan de oorzaak niet gevonden worden. Verder kunnen galstenen en overmatig alcoholgebruik een ontsteking veroorzaken. In de meeste gevallen verlopen ontstekingen in de alvleesklier mild.
Treden er complicaties op dan kan de toestand wel verergeren. Gevaarlijk kunnen infecties in of om de alvleesklier zijn. Ook ontstekingsvocht dat zich ophoopt kan gevaarlijk worden. Verdwijnt dit vocht niet dan kan zich na anderhalve maand kapsel vormen. Deze ontwikkeling wordt pseudo-cyste genoemd. De pseudo-cyste kan na verloop van tijd verdwijnen maar kan ook blijvend zijn. Bij de pseudo-cyste kan de wand scheuren of een infectie ontstaan. Een andere complicatie van ernstige aard is een bloedvatbloeding in of rond de alvleesklier.
Voor de aandoeningen zijn verschillende behandelingen. Bij een ontsteking zal eerst geprobeerd worden deze op te lossen door de alvleesklier te ontzien. Er wordt een slangetje ingebracht om via de neus de maagsappen in de maag te laten aflopen. Vocht wordt via een infuus toegediend evenals voeding. Bij galstenen zullen deze meestal operatief verwijdert worden, eventueel vernietigd of afgestorven weefsel zal tijdens de operatie mee verwijdert worden. Als de pseudo-cyste groot wordt of blijft dan zal ook deze operatief worden behandeld, bij deze operatie wordt een drain geplaatst in de holte of de pseudo-cyste wordt verbonden met de maag of darm zodat de inhoud kan afvloeien. Bij een chronische alvleesklier zijn het vaak de ontstekingen die terug blijven komen.